第一章：邂逅海灵芝
柯南一直都觉得自己是一个很幸运的人，因为他身边总是能够有美丽、聪明、和善的人相伴。当他遇到灰原哀，他惊异于她的勇气、智慧和冷静，甚至开始有些意识到自己愈发年幼。而当他与海灵芝相遇时，他认为他的运气已经到了极点。
柯南与灰原哀正在某家咖啡馆品尝甜点时，一名神秘的老先生主动搭话，他自称田中博士，告诉柯哀是时候寻找一种草药了，这种药可以恢复人类的记忆。柯南有些心动，灰原哀则保持着警惕。田中博士告诉柯哀他知道这种草药的具体位置，但是得先要找到一种叫做“海灵芝”的神秘物品，才能找到那个地方。
第二章：调查海灵芝
柯南并不相信神秘的传说，灰原哀也不愿去相信，但是田中博士的话引起了他内心的好奇。调查海灵芝的过程中，柯南和灰原哀遇到了许多人，从一名卖家到一名专家，他们都知道这是什么，但似乎都有些害怕。经过多番努力，柯南和灰原哀终找到了一位老婆婆，她是一个愿意跟柯哀详细聊起这件事的人。
老婆婆告诉他们海灵芝是一种神奇的水草，长在大海的深处。此外，她还透露给了柯哀一个有趣的细节，她听说过有个人吃到了海灵芝后变得像少年一样。柯南和灰原哀开始意识到，田中博士的话或许并不是毫无道理的。
第三章：神秘的海底洞穴
柯南和灰原哀花了很长时间，不断前往海岸和海洋深处，终于在海的中心找到了海底洞穴。他们跳进了洞穴中，发现了绿色的小草，原本他们以为已经找到了海灵芝，但随即却发现了一个神秘的石门。门上刻着一些文字，似乎是某种前人留下的指示。
实际上，海灵芝就在这扇神秘的石门后面，但它不是任何人都能轻易获得的物品。柯南细心观察着石门，他尝试着从刻字上找出一些端倪。后他确定这道门必须用一种特别的方式才能打开。
第四章：打开石门
柯南和灰原哀很快就搞清楚了如何开启这道石门，他们需要将门上的一些刻字按照特定的顺序拍打，然后再在里面的天花板上找到一个开关。这听起来简单，但是实际上他们需要花费数小时才能找到正确的拍打顺序。
门终于开了，柯哀看到了海底洞穴里面惊人的景象，一个由大大小小的草药、草本植物和珊瑚构成的海底花园映入眼帘。在花园的中心，他们发现了一朵蓝色的花，这就是传说中的海灵芝。
当他们试图拿起海灵芝的时候，一个黑影从他们身后冲出来。柯南和灰原哀都被吓得不小，但是他们并没有被攻击一击。原来，黑影是一个名叫“糖”的加菲猫。它是个本地的守卫者，在守护着这片花园不被人类所破坏。
第五章：海灵芝的秘密
柯南和灰原哀向糖解释了自己的来意。糖非常友好地对待他们，解释了海灵芝的一些奥妙。海灵芝就像一颗永久不腐烂的种子，它可以让人类永远保持年轻，但前提是，这个人必须是一个善良和有责任心的人。并且，海灵芝只有在一生中的某些时候才会长出，这个时机需要某种特殊的环境才能实现。
糖说，要获取这种海灵芝，必须以一种特殊的方式将它种植在海水中。只有某些特别的植物才能在这片花园中得到培植，然后放入海水中，长出海灵芝来。所有长出的海灵芝都由糖保管，他会以自己的方式将这种海灵芝授予那些有资格获得这种草药的人类。
第六章：柯哀的坦白
柯南和灰原哀决定离开花园，但当他们要离开时，灰原哀对柯南坦白了她在那场交通事故中失去哥哥的真相。她告诉柯南，那时她和哥哥正在为了保护一件极其珍贵的宝物而被车辆撞倒。这个宝物就是海灵芝。
这个宝物并没有失落，因为灰原哀已经小心翼翼地保管着它。她在掩埋哥哥的时候，将海灵芝放在了哥哥的坟墓中。听到这里，柯南的眼里闪烁着泪光，他想到之前与田中博士的谈话，如果这种海灵芝能够让人类重获记忆，那么他和他的父母也有可能从失踪的过去中寻回来。
第七章：梦想成真
回到家以后，柯南和灰原哀一直在思考着如何获取那个海灵芝，但他们发现海灵芝被深深地埋在了哥哥的坟墓中，没有人可以找到它。然而，有一天，田中博士在一次突发事件中将柯南和灰原哀的身份曝露出来，他告诉他们自己在坟墓中找到了海灵芝。
田中博士让柯南和灰原哀来到他的实验室，他展示了他们海灵芝的存在，并让他们抽取海灵芝中的精华，制成特殊的。这种让人们能够重获忘却的记忆，这样柯南和他的家人就可以恢复记忆了。后，这对侦探伴侣回到了家，认识了柯南的父母，一家人的梦想都成真了。
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